Выбран разный набор людей.
Когда вы работаете через пункт меню "Отчетность по налогам и взносам в ФНС", то вы всегда работаете только с людьми выбранными в списке ЛС.
Когда вы работаете через "Отчетность в ФНС", то у вас в диалоге выбор каких людей включать в отчет.
По умолчанию там выбран пункт "всех выбранной организации".
Если делать через "ранее отмеченных" суммы должны совпасть. Так как таблица одна и та же, функции приема одни и те же.

Исправлено. Войдет в 604.1

Другими словами: из-за первой ошибки, у вас не загрузился модуль f417_2017.s А из-за того что он не загрузился, появилась вторая ошибка.
Надо свою функцию GetRasNormzar назвать как-нибудь по-другому. Например UsrGetRasNormzar.

В справке о предприятии сертификаты есть смысл указывать, только в том случае если вы в одной базе Контур.Зарплаты обсчитываете несколько страхователей (юридических лиц). В этом случае у каждого такого страхователя может быть свой сертификат для ЭП и в этом случае их надо указывать в справке о предприятии а не в настройке ЭЛН (которая одна для всех организаций).

Если считали больничный как электронный, программа сама поймет что он электронный.
Если считали больничный "по старинке" (через ручное заведение дат начала и конца), то надо идти в список рассчитанных больничных и ставить признак вручную

Обманул. С помощью "bounds" вытаскиваются взносы в границах предельного размера базы и сверх предельного размера базы.
Чтобы вытаскивать сам доход, надо вызывать R_Tax(160) и R_Tax(161)

Если мы говорим про таблицы, то вот такая функция приема вам поможет:
R_Tax(160,1,*,*,Источник выплаты,*,А);SCRIPT(return atof(Sum)+TaxValue(161);)
Где Sum - имя столбца куда хотим принять превышение предельного размера базы.

Можно с помощью функции R_Tax... с параметром Bounds=1-2.

можно решить вопрос организационно: обновлять расчетную группу и нерасчетную группу одновременно на одну и ту же версию программы. Тогда проблем не будет.

А два других ЭЛН были скачаны без проблем? Или они были "импортированы" из файлов?
Что сделать если один из этих ЭЛН (который уже скачан) выделить и нажать кнопку "Скачать"? Будет та же самая ошибка или ошибка проявляется только на конкретном ЭЛН?

В настройках ЭЛН ссылка на сертификат ФСС пустая или заполнена?