Это ограничение посчитанными простоями.
У вас открыта строка простоев с фиксированными датами с 01.04.2020 по 30.04.2020.
Программа считает что весь этот период - период простоя. 
Больничный продолжающийся в период простоя выплачивается в сумме не превышающей сумму оплаты простоя.
Выбирает из этой строки сумму, приводит к сумме ограничения за 1 день (сумма / РВ из строки простоя и если простой считался в часах, то еще делит на 8).
Конкретно для этого человека: 1515/(12/8) = 1010 - этим сумма и была ограничена. 

К сожалению без выдачи предупреждения.
Достаточно у строки простоя поставить открытые даты (пусто - 01.01.2050) и она не повлияет на расчет этого больничного.

Игорь, ближе к 30 обновление выпустим.

А операционка какая? XP что ли? На 7ке нормально работает VipNet работающий с 2012 ГОСТом.
Например вот:

Странно. Не должно так быть если в настройке Настройка -> 4. Настройки параметров расчета -> 4. >>> Настройки для больничных -> 1. Настройки расчета больничного листа -> Р/К применять к сумме пособия стоит 1! Программа в этом случае должна была увидеть что в формуле есть р/к для среднего и считать его равным 1 (в момент расчета среднего.).
Проверим.
Специально это делали, чтобы у тех у кого РК в формуле, не надо было формулу исправлять.
Разберемся и исправим, если ошибка.

Я бы просто сравнил настройки больничных с поставочными по F6. По отличающимся настройкам скорее всего понятно будет в чем проблема.

Версия VipNet последняя?
Смысл ошибки в том, что программа не может найти криптопровайдер реализующий нужный алгоритм шифрования или ЭП. Раз с свертификатом все ок (там 2012 алгоритм), то возможно на компе стоит устаревшая версия криптопровайдера vipnet

Если в поставке все нормально, то может сохраненку?

Посмотреть ГОСТ можно в свойствах Сертификата.
Сертификат можно найти через настройки браузера или через последовательность:
1) клавиши Win+R
2) CertMgr.msc
3) Enter

В общем и целом как оплачивать определяет сама организация исходя из ее возможностей. В этом случае и чем заполнять табель, организация определяет сама. У всех возможности разные. Кто-то оплачивает по МРОТ, кто-то как простои по независящим причинам, кто-то обычную зарплату платит, а кто-то сокращает сотрудников или без сохранения отправляет.

В рекомендациях Минтруда было написано что с 30 марта по 3 апреля не нужна двойная оплата
"3. Нерабочий день не относится к выходным или нерабочим праздничным дням, поэтому оплата производится в обычном, а не повышенном размере."