А операционка какая? XP что ли? На 7ке нормально работает VipNet работающий с 2012 ГОСТом.
Например вот:

Странно. Не должно так быть если в настройке Настройка -> 4. Настройки параметров расчета -> 4. >>> Настройки для больничных -> 1. Настройки расчета больничного листа -> Р/К применять к сумме пособия стоит 1! Программа в этом случае должна была увидеть что в формуле есть р/к для среднего и считать его равным 1 (в момент расчета среднего.).
Проверим.
Специально это делали, чтобы у тех у кого РК в формуле, не надо было формулу исправлять.
Разберемся и исправим, если ошибка.

Я бы просто сравнил настройки больничных с поставочными по F6. По отличающимся настройкам скорее всего понятно будет в чем проблема.

Версия VipNet последняя?
Смысл ошибки в том, что программа не может найти криптопровайдер реализующий нужный алгоритм шифрования или ЭП. Раз с свертификатом все ок (там 2012 алгоритм), то возможно на компе стоит устаревшая версия криптопровайдера vipnet

Если в поставке все нормально, то может сохраненку?

Посмотреть ГОСТ можно в свойствах Сертификата.
Сертификат можно найти через настройки браузера или через последовательность:
1) клавиши Win+R
2) CertMgr.msc
3) Enter

В общем и целом как оплачивать определяет сама организация исходя из ее возможностей. В этом случае и чем заполнять табель, организация определяет сама. У всех возможности разные. Кто-то оплачивает по МРОТ, кто-то как простои по независящим причинам, кто-то обычную зарплату платит, а кто-то сокращает сотрудников или без сохранения отправляет.

В рекомендациях Минтруда было написано что с 30 марта по 3 апреля не нужна двойная оплата
"3. Нерабочий день не относится к выходным или нерабочим праздничным дням, поэтому оплата производится в обычном, а не повышенном размере."

Реестр ПВСО - два в одном, это и список и информация для начисления.

Ну это ваша собственная инициатива. Если ваша организация может устроить сотрудникам выходные на весь апрель, а тем кто пошел работать заплатить двойную зарплату - хорошо.
Только кажется большинству организаций одинарную бы вытянуть и не умереть и то было бы хорошо.

Если вы норму правите, то учитывайте что у вас еще и сверхурочные могут вырасти.

Приняли. Еще не сделали.