тогда я попроверил
Заполнение РК в справке о предприятии закроет проблему.

Вопрос: а у вас все таки стабильно один и тот же РК у всех или меняться может?
Можно указать РК в справке о предприятии один для всех сотрудников?
Кажется это должно решить проблему.

Посмотрите на пример UserAlg712(&info,&r) а usalg.s
Там пример как учесть поле КЧ изменяемое по времени (там пример расчета премии, если процент премии задается полем КЧ).

Единственное, что вам стоит учесть: у вас кроме ставки в общем случае может меняться БЗ если оклад задается через сетки.
Если оклад задается не через сетку, то 712 достаточно легко применить к вашей задаче немножко изменив

Надо ли напоминать что итоговые виды налогов заводятся на весь года? Дата начала-дата конца внутри года ставить не рекомендуется?

Поддержу Николая!
Единственная некорректность которая может быть в случае источников - это когда вы налога по источнику вернете больше чем удерживали с человека или вдруг решите удержать НДФЛ больше чем начислено зарплаты по этому источнику. Только в этом случае у вас начинается влияние налога на "перерасход средств по источнику".
Все остальное надуманное.
Есть зарплата А. Она идет из источника. НДФЛ удерживается из ЭТОЙ зарплаты и никакого влияния на источник не оказывает (до тех пор пока налог меньше этой зарплаты).

Да, только это было во времена:
1) когда по РК и основной зарплаты не были отдельными базами
2) когда налог считался по начисленным суммам, а не по выплаченным

Под расчет НДФЛ "по выплате" этот режим не дописывали. 

Разберемся. Увеличим.

так он всегда должен был быть последним из налоговых!

Ну если вам нужны даты у районного (и как считается районный посчитанный с указанием дат у строки вас устраивает). То остается два остальных варианта:
- заполнять дату приема в трудовом стаже тоже.
- не заполнять ничего в трудовом стаже.

Вы говорите что дата увольнения ставится автоматически. Я правильно понимаю что это происходит за счет интеграции с Контур.Персонал? Или как?

Дополню.
Устная позиция ФНС озвученная на консультациях по новым изменениям: "нам неважно как будут распределены вычеты между двумя базами, основной и РК, главное что они будут предоставлены".
Поэтому распределение выполняется наиболее логичным способом: в порядке фиксации доходов для налоговой базы с приоритетом для основной базы.
Это делает применение вычетов наиболее выгодным для сотрудника, при этом снижен риск вопросов от ФНС (учитывается очередность попадания доходов в базу) и не происходит постоянных перераспределений налога между разными кбк.