F4-F5 на виде сверхурочных что показывает?

В чем сложность не понятно.
3 дня за счет организации остались как были. Как раньше формируете кассовую ведомость на эти 3 дня НДФЛ указывая 504 вид как "спец.вид налога".

На основании каких нормативных актов вы собираетесь выделять РК с отпускных и северных?
В Постановлении 922 ничего подобного нет.
Ваше выделение может трактоваться налоговой как "оптимизация" налогов (уклонение от уплаты правильной суммы налога).

Новые требования, это видимо про то что по РК отдельная база.
Только не очень понятно, как это требование приводит к тому что надо завести отдельный вид РК со стимулирующих выплат? НДФЛ отлично с них возьмется и при нахождении в одном виде РК.

СФР в выходные проводил тех.обслуживание сервиса ЭЛН, видимо исправили ошибку. 

Через 277 вид создать суммы корректирующие минус.
Или воспользоваться таблицей корректировки минусов.

По п.2:

перекодировка видов до обновления:
https://kontur.userecho.ru/knowledge-bases/51/articles/10819-2025-god-perekodirovka-vidov-do-obnovleniya-na-versiyu-630hh

тут написано что можно загрузить виды, если забыли очистить таблицу входимости до обновления:
https://kontur.userecho.ru/knowledge-bases/51/articles/10824-instruktsiya-po-nastrojke-ndfl-i-vznosov-na-2025-god

По п.1
305 - итоговый вид начисления. Он смотрит общую базу и делает округление с общей базы, поэтому может налог как добираться так и возвращаться. Зависит от количества источников. При двух источниках возврат-доудержание может достигать 1 рубля.

По п.1 в части отрицательных сумм - есть стандартная процедура формирования "корректирующих" записей в ЛС через 277 вид. Можно руками, можно таблицей "корректировка минусов".

Запись вебинара по законодательным изменениям 2025 года на RuTube

Нам бы еще с терминологией синхронизироваться.
0) Я не понимаю что значит "номера ПВСО". ПВСО давно уже нет, а номеров ПВСО и не было (ну или я не знаю что это). Может быть это номер процесса соц.поддержки?
1) первые скриншоты - это текст сообщения от ФСС. Другими словами ФСС нам сообщает: у меня нет страхователя с таким регистрационным номером (оба сообщения). Т.е. ни по старому ни по новому номеру страхователь не был найден. Поэтому отказ в отдаче ЭЛН.
2) реестр пособий пока работает только со старыми рег.номерами. Это не должно было приводить к проблемам, так как предполагалось что организаций у которых нет старого номера ФСС, пока ничтожно мало.
Надо посмотреть на эксель. Возможно КЭ отдает по этой организации на месте рег.номера новый номер СФР, поэтому импорт не происходит и выводит такое сообщение об ошибке: вы выбрали в верхней части организацию, из эксельки пытается подтянутся данные по старому рег.номеру, а в эксель возможно уже новый рег.номер.
Что в эксель?

По сохраненке. Кассовой ведомостью от 19.09 была удержанна сумма 1304. 182 рубля были доудержанны ведомостью от 04.10.2024 (а это уже другой квартал).
У вас исчисленная и удержанная не идут на эти 182 рубля (было удержано на 182 рубля меньше чем исчисленно). 182 рубля это вычет 1400 рублей.