Завел задачу для разработки

Так задумано. Мы однозначно можем обновить Раздел 3. Обновлять сводные Разделы при обновлении Раздела 3 мы программу не научили. 
Предполагается, что пересоздать отчет в этом случае быстрее.
Если же вы вносили ручные корректировки в отчет (и боитесь их потерять), то в этом случае сводные разделы вообще не понятно как обновлять при обновлении одного человека.

А как должно получаться?
До МРОТ действует основной тариф (01 и код категории НР), сверх.МРОТ действует тариф 20 и код категории МС.
Что вас смущает?

мы отключим учет этой настройки при подготовке РСВ

Вы зачем-то поставили код основного тарифа ФНС = 20 в справке о предприятии. Это ведь неправда. Какой у вас основной тариф? 01? значит надо поставить 01.

Второй скриншот говорит о том, что у человека не рассчитан карантинный с 06.04.2020 по 19.04.2020 и только он. Поэтому списка не появляется, а появляется запрос для одного единственного. Это означает что остальные больничные есть в списке рассчитанных (это для 774):

Последний скриншот говорит о том, что этому сотруднику ни одного больничного карантинного не считали (программа не нашла ни одного рассчитанного) и программа предлагает посчитать любой из них, потому что даже на 06.04.2020 ему уже было 65 лет. Для последнего скриншота не нашел в сохраненке ЛС.
Зато нашел в сохраненке 7172 которому вообще ничего не предлагает заполнять. Потому что там ВСЕ уже посчитано:

Вопрос: что программа делает не так если все нужные карантинные уже рассчитаны?

Игорь, простота реализации очень сильно зависит от контекста. Это будет работать в рамках алгоритма строки? Это должно работать при приеме в таблицу?
Смущает что вопрос по простой части (как сохранить и восстановить табель), при этом "непростая часть" (п.2-п.4) вопросов не вызывает.

Табель это просто массив символов. Я могу объявить массив символов так: char s[256]; Табель хранится в массиве с именем calm. Первый день в нулевом индексе.
То есть простейшее сохранение табеля выглядит так:
char buf_calm[SIZECALM];
stccpy(buf_calm,calm,SIZECALM);

....
// восстановление
stccpy(calm,buf_calm,SIZECALM);

Но это при условии, что мы находимся внутри алгоритма расчета (то есть к этому моменту установлен нужный расчетный месяц для нужного совместительства)..

Татьяна, никаких правил заполнения этой формы мы не видели.
До недавнего времени мы в нее включали только тех кто отработал весь год. Теперь мы включаем тех, кто отработал полные месяцы в течении года и учитываем только полностью отработанные месяцы.
Чтобы включать "неполностью отработанные месяцы" или людей на полставки, надо понимать как эту "неполноту" преобразовывать в полные суммы. Ведь по факту отчет должен показать ситуацию в пересчете на полную зарплату(на полную занятость). Полуставочники и неполные месяцы без преобразования исказят этот отчет.
Давайте вернемся к этому вопросу если появится информация о порядке заполнения отчета.

Если отчет не в статусе "Отправлен" никаких ограничений на корректировку нет.
Нельзя только откорректировать численность за квартал:

Может быть у вас отчет в статусе "Отправлен"?