Если я правильно помню, ФСС признал, что они ошибались (у них была не обновлена своя программа).

Завел задачу для разработки

Так задумано. Мы однозначно можем обновить Раздел 3. Обновлять сводные Разделы при обновлении Раздела 3 мы программу не научили. 
Предполагается, что пересоздать отчет в этом случае быстрее.
Если же вы вносили ручные корректировки в отчет (и боитесь их потерять), то в этом случае сводные разделы вообще не понятно как обновлять при обновлении одного человека.

А как должно получаться?
До МРОТ действует основной тариф (01 и код категории НР), сверх.МРОТ действует тариф 20 и код категории МС.
Что вас смущает?

мы отключим учет этой настройки при подготовке РСВ

Вы зачем-то поставили код основного тарифа ФНС = 20 в справке о предприятии. Это ведь неправда. Какой у вас основной тариф? 01? значит надо поставить 01.

Второй скриншот говорит о том, что у человека не рассчитан карантинный с 06.04.2020 по 19.04.2020 и только он. Поэтому списка не появляется, а появляется запрос для одного единственного. Это означает что остальные больничные есть в списке рассчитанных (это для 774):

Последний скриншот говорит о том, что этому сотруднику ни одного больничного карантинного не считали (программа не нашла ни одного рассчитанного) и программа предлагает посчитать любой из них, потому что даже на 06.04.2020 ему уже было 65 лет. Для последнего скриншота не нашел в сохраненке ЛС.
Зато нашел в сохраненке 7172 которому вообще ничего не предлагает заполнять. Потому что там ВСЕ уже посчитано:

Вопрос: что программа делает не так если все нужные карантинные уже рассчитаны?