В школьной версии почему-то другое название у РК
Код дохода и 4 таблица автоматически не встанут, если совпадут код вида и короткое название.
В остальных случаях код дохода и таблицу надо проставлять вручную

Как действовали?
1. Удалили виды
2. Вышли из ТВХ с сохранением (этот шаг важен, т.к. в этот момент обновляются и настройки налогов)
3. Зашли в ТХВ импортировали
4. Вышли из ТВХ с сохранением.

Проверил - не надо выходить после удаления. Все нормально импортируется даже если работать по схеме:
1. Удалили виды
2. Импортировали по Alt+F10
3. Вышли из ТВХ с сохранением.
Настройки в налоги встали корректно.

У вас точно были созданы настройки налога на 2025 год, к моменту импорта видов?

F4-F5 на виде сверхурочных что показывает?

В чем сложность не понятно.
3 дня за счет организации остались как были. Как раньше формируете кассовую ведомость на эти 3 дня НДФЛ указывая 504 вид как "спец.вид налога".

На основании каких нормативных актов вы собираетесь выделять РК с отпускных и северных?
В Постановлении 922 ничего подобного нет.
Ваше выделение может трактоваться налоговой как "оптимизация" налогов (уклонение от уплаты правильной суммы налога).

Новые требования, это видимо про то что по РК отдельная база.
Только не очень понятно, как это требование приводит к тому что надо завести отдельный вид РК со стимулирующих выплат? НДФЛ отлично с них возьмется и при нахождении в одном виде РК.

СФР в выходные проводил тех.обслуживание сервиса ЭЛН, видимо исправили ошибку. 

Через 277 вид создать суммы корректирующие минус.
Или воспользоваться таблицей корректировки минусов.

По п.2:

перекодировка видов до обновления:
https://kontur.userecho.ru/knowledge-bases/51/articles/10819-2025-god-perekodirovka-vidov-do-obnovleniya-na-versiyu-630hh

тут написано что можно загрузить виды, если забыли очистить таблицу входимости до обновления:
https://kontur.userecho.ru/knowledge-bases/51/articles/10824-instruktsiya-po-nastrojke-ndfl-i-vznosov-na-2025-god

По п.1
305 - итоговый вид начисления. Он смотрит общую базу и делает округление с общей базы, поэтому может налог как добираться так и возвращаться. Зависит от количества источников. При двух источниках возврат-доудержание может достигать 1 рубля.

По п.1 в части отрицательных сумм - есть стандартная процедура формирования "корректирующих" записей в ЛС через 277 вид. Можно руками, можно таблицей "корректировка минусов".

Запись вебинара по законодательным изменениям 2025 года на RuTube