Судя по картинке ведомость сформировалась, потому что был захвачен доход для НДФЛ 15.07.
Если это мнимый больничный, который не является доходом для НДФЛ в вашей организации, то может быть стоит с него убрать код дохода в настройках НДФЛ? 

Виктор, мы сделаем выгрузку.
Но тут нужна и ваша помощь.

Половина этих полей не являются "стандартной информацией". Соответственно ваша задача со всех клиентов собрать информацию:
1) есть уже эта информация в Контур.Зарплате или нет. И если есть, то где (РВ вида, поле кадровой частии т.п.)
2) У некоторых клиентов одновременно установлены Контур.Персонал и Контур.Зарплата. Возможно какие-то данные которые сейчас отсутствуют в Контур.Зарплате есть в Контур.Персонал? Тогда надо узнать что это за данные. Чтобы мы озадачили специалистов Контур.Персонал выгрузкой этих данных в Контур.Зарплату.
3) Если нет Контур.Персонала или каких-то данных сейчас нет ни в Контур.Персонал ни в Контур.Зарплата, то решить с клиентом как вам будет удобнее их занести в человека (поле кадровой части? Вид Н-У?)
4) Возможно какая-то информация может быть есть, но ведется в другом виде. Например ПКГ есть и КУ есть, но они сейчас передаются в ЕФС-1 ЗПГос другом виде. То нужна информация вида: "вот эти данные брать точно так же как мы их передаем в отчет ХХХ, конвертировать по таким-то правилам"

А в целом выгрузка будет примерно как устроена ЕФС-1 ЗПГос: куча настроек (откуда что брать), с возможностью написать свой скрипт, чтобы написать что-то сильно своё.

Не очень понятно.
Зачем переносить с Сов на СОФ? Какой в этом смысл?
Почему всю сумму нельзя поставить на Осн? Ну т.е. сохранится разбивка по источникам но в рамках Осн.

Больничный же оплачивается страхователем "один раз", по "одному трудовому договору".
Чем вызвано желание получить две суммы по 280 в этом случае?

Проверил установку по инструкции от Андрея на РедОС 16.03.2024. Под Wine 8.

обновление вышло

Обновление вышло.

Не обращайте внимание на ошибку.
После выхода поставки СФР поменял проверочную и сделал это поле обязательным. До этого оно было не обязательным (если 0). 
Просто загружайте в Экстерн и отправляйте тот файл что есть.
В следующей версии сделаем поле обязательным, ошибка при проверке внутри программы уйдет.