Любовь, а почему у Вас раздел 2 пустой? Все выплаты за сентябрь были уже в октябре что ли? Ни одной выплаты в сентябре не было?

Этого предупреждения у Вас и правда не возникло бы, если бы хотя бы одна строчка во втором разделе была.

Нет в программе режима "восстановить удаленный больничный".

Больничный можно либо заново посчитать, либо восстанавливать лицевой счет на состояние "до удаления".

Вы налога удержали ровно столько сколько положено. Контур-Экстерн не имеет возможности правильно посчитать сумму налога, так как у него нет информации отдельно по каждому работнику, учтенному в первом разделе 6-НДФЛ.

Когда Вы говорите про погрешность равную нулю я не совсем понимаю что  Вы имеете в виду.
Когда вы считаете НДФЛ отдельно по работнику, вы делаете округление до полного рубля. В этот момент у вас появляется погрешность не больше чем "плюс минус 0.5 рубля", если сравнивать с суммой без округления.

Когда вы считаете НДФЛ умножая общую базу по всем работникам на ставку, то там как раз НДФЛ будет посчитан "без округления".

Другими словами, сумма, стоящая в строке 040, может отличаться от суммы посчитанной как "общая база * ставку" на 0.5 * количество работников. Отличие может быть как в большую сторону так и в меньшую.

Второй раздел 6-НДФЛ слабо связан с первым. Во втором разделе информация об удержании НДФЛ, в первом - об исчислении. Первый сверяется с 2-НДФЛ, но не со вторым. Чтобы сверять со вторым надо чтобы в организации удержание проходило в тех же месяцах, когда доход и налог исчислялись. А это далеко не всегда так.

НДФЛ считается по людям всегда в полных рублях, поэтому я не совсем понимаю зачем считать его с 4 знаками после запятой, если это никакого отношения к настоящему НДФЛ уже не будет иметь.

Контур-Экстерн не может корректно посчитать НДФЛ для строки 040. У вас расчет ведется отдельно по каждому работнику, с округлением до рубля. Контур-Экстерн взял общую сумму дохода всех работников и умножил на ставку налога и округлил до рубля.

Пример:

У каждого работника доход 6543.21. НДФЛ 851 рубль. Таких работников 10.

Общий доход 65432,10. Общий НДФЛ 8510. 

А Контур-Экстерн Вам скажет: 65432,10*0,13 = 8506,173

Проверяйте НДФЛ налоговыми регистрами если не уверены в правильности сумм.
Сумму в 6-НДФЛ в строке 040 можно сверить по сводной справке 2-НДФЛ (формируете 2-НДФЛ по тем же самым людям, только печатаете не отдельные справки 2-НДФЛ, а сводную справку).

Здравствуйте, Любовь!

Программа может формировать отчетность 2-НДФЛ и 6-НДФЛ автоматически относя работника на нужное ОКТМО-КПП.

Если в каждом календарном месяце одного работника будете относить всегда к одному ОКТМО-КПП, то для этого достаточно настроить разбивку по полю кадровой части.
Вызовите из программы помощь (F1) и на вкладке "Поиск" наберите ОКТМО. Среди найденных результатов выберите 6-НДФЛ. Все что касается разбивки по ОКТМО справедливо как для 6-НДФЛ, так и для 2-НДФЛ.

В вашем случае, если подойдет настройка разбивки по полю кадровой части. Вам достаточно будет всем ЛС поставить что до сентября они относились к головной организации, а с сентября каждому ЛС поставить свое значение (к какой организации он стал относиться). В этом случае данные до сентября будут попадать в головную организацию, а с сентября с разбивкой.

Если у вас есть закрепленный за вами специалист, то лучше чтобы первоначальную настройку и объяснение как работать с несколькими подразделениями выполнил он.

Если речь была про то, что копировать себе из сохраненки: всегда беру поставочный zpl, удаляю поставочные Z1,Z2 и копирую туда все из сохраненки. 

Отобрать "неправильные", через массовую корректировку сделать правильными? И после этого спокойно работать с отбором?

Речь про сотрудника иностранца? За которого надо платить 6 месяцев взносы, прежде чем у него возникает право на оплачиваемые больничные?.
Если сумма больничных была возвращена - значит у вас получается "минус" на необлагаемых суммах. Можете этот минус вообще спрятать в какой-нибудь "древний" 2010 год, чтобы его просто не было. Неточность в необлагаемых суммах не влечет обязанности подавать корректировки. Ну то есть сейчас вы делаете вид, что этой отрицательной необлагаемой суммы просто не было в 2018 году. Если вдруг, когда-нибудь выездная проверка обнаружит, что у вас необлагаемая сумма завышена на сумму этого "минуса", то это ни к каким последствиям не ведет. База остается неизменной, страховые тоже. Обязанности сдавать корректировки не возникает. Штрафовать - ну в крайнем случае 500 р за недостоверность отчета, хотя ФНС вроде как уже высказывалась что недостоверностью в РСВ считается либо ошибки в перс.данных работников, либо ошибки в суммах базы и/или страховых.

Важно: этот минус обязательно надо учесть в Приложении 2 в расходах по соц.страху. Так как он влияет на ваши взаиморасчеты с ФСС.

Выходит 598.3. Попробуйте там отправить результаты расчета.