Ну я не говорил, что прямо вы должны делать. Я думал что мы это в виде некоего начального шаблона в поставку включим. А по обстоятельствам клиенты подгоняют под себя. Тут на самом деле самый "сложный" шаг - собственно посчитать пени. Ведь период задержки может быть длинее чем пара дней, да даже если пара дней, то они могут прийтись на период когда поменяется ключевая ставка ЦБ, то есть надо отследить эту смену.

Задача такая есть (это касается обоих вопросов) Висит у нас достаточно давно. Сейчас есть "архитектурные" сложности. Надо по факту переписать как хранятся своды сейчас.

Формирование свода за период можно включить настройкой, но этот свод за период будет затирать аналогичный свод за текущий месяц.

По проблеме работы конкретного сертификата (школы) Николай Вам видимо письмо перешлет.
Если коротко: проблема на стороне ФСС. ФСС получает наш запрос, ФСС формирует ответ, но при шифровании ответа открытым ключом из этого сертификата происходит ошибка.
Причины нам непонятны. Все наши тесты по шифрованию которые мы делали с этим сертификатом проходили. 

У ФСС по такой ситуации стандартный ответ: замена сертификата, так как сертификат не предназначен для шифрования.

Только хитрость вся в том, что конкретно у этого сертификата стоит признак, что он предназначен для шифрования.
Если перевыпустить сертификат клиенту несложно - можно попробовать пойти по этому пути.
Если сложно, то надо добраться до тех.поддержки ФСС, которая разберется почему у них не отрабатывает шифрование этим сертификатом. Мы пока в этом направлении недалеко продвинулись.

Проверить соответствие рег.номера номеру ЭЛН мы не сможем.
Наверное в случае, если мы говорим что такой ЭЛН уже есть в реестре нам надо переключаться на соответствующую организацию (чтобы проще было его найти и удалить).

Если сертификат юридического лица есть на каждом рабочем месте расчетчика, то вариант добавления ЭЛН через расчет выглядит самым оправданным.

Предположу, что указано что профсоюзные в кассовую ведомость надо выбирать пропорционально выбираемым суммам дохода. То есть к профсоюзным применился коэффициент сумма отпускных/общая сумма дохода, который и мог дать разницу в копейки.

Ночные и сверхурочные за месяц присутствуют в каком-либо виде НУ в графе РВ? Можем сделать так, чтобы выбирались из вида начисления.

Существующий расчет пени настраивается на ведение только через долг организации (998 вид) и ориентируется только на задержки по выплате зарплаты (аванс и окончательный расчет).

Прочие задержки (отпускных, больничных) автоматический расчет пени никак не учитывает, и учить пока не планировали.
В случае с отпускными возможно есть смысл посмотреть в сторону какой-нибудь таблицы массовой обработки.
По факту нам нужна следующая информация: 

ТН - сумма к выплате - плановая дата - фактическая дата. 

Имея эту информацию можно посчитать сумму пени, а потом разнести посчитанную сумму в лицевой счет.

МРОТ 11163.

11163*24/730 = 367

11163*1.15*24/730 = 422.05

сумма дохода работника маленькая, расчет ведется по МРОТ

Да, Вы правы в том, что, так как это другое ОКТМО-КПП, то данные каждого работника должны формироваться двумя налоговыми регистрами (один налоговый регистр по одному ОКТМО-КПП, другой по-другому). У нас сейчас НДФЛ считается "один лицевой - один налоговый регистр".
Но в Вашем случае ведение нескольких регистров по одному человеку (ну или другими словами "считать как будто он только что принят с другого места работы") не спасает. Потому даже если посчитать в программе, как будто в предыдущих месяцах нет сумм, у Вас все равно будет погрешность и сумма не пойдет.

Я же выше привел пример на основании сумм за 1 месяц. Там предыдущие месяцы вообще никак не фигурировали:

У каждого работника доход 6543.21. НДФЛ 851 рубль. Таких работников 10. Общий доход 65432,10. Общий НДФЛ 8510. А Контур-Экстерн Вам скажет: 65432,10*0,13 = 8506,173

Суммы совпадут только в том случае если погрешность суммарная "плюсовая погрешность" по попавшим в отчет людям совпадет с суммарной "минусовой погрешностью" по попавшим в отчет (вероятность этого очень мала) или если в отчет попадет только 1 человек. 

Восстановить из страховой копии ZPL или найти подходящую копию в каталоге zpl\BACKUP\Previous\LS\ (но лучше с помощью сопровождающего специалиста). Если после удаления больничного данный лицевой счет больше не изменялся (не перезаписывался), можно выполнить восстановление Ctrl+F7 - "Восстановление ЛС" - и выбрать в качестве каталога "....zpl\BACKUP\Last\LS\000000\" там выбрать файл соответствующий табельному этого ЛС.