по п.2 посмотрите у расчетчика для этого "проблемного" ЭЛН есть в реестре табельный номер или нет. Отфильтровывание идет, только в том случае если ТН прописался. Если его нет, то расчетчик будет видеть этот ЭЛН.

по п.3 задача понятна. Наверное придется завести настройку. Те организации, кто вдруг и за главбуха и за руководителя одним сертификатом пользуются (хотя это не правильно!!!) не захотят чтобы ФИО бралось только из сертификата.

Добрый день! У вас несколько источников? СКЕ? Проводите материальную помощь только одним источником. Если надо проводить несколькими, то в этом случае придется разбивать мат.помощь на облагаемую и необлагаемую части.

Ну если организация утверждает, что при начислении годовой премии было учтено фактически отработанное время, то мы не должны в этом случае к ней применять дополнительные пропорции. Фактически это означает что указанные 215 т.р. были начислены за 63 рабочих часа.
Но есть подозрение что когда они начисляли премию, то время в командировки считали "фактически отработанным", то есть исключались какие-нибудь "прогулы", "больничные" и т.п. а время оплаты по-среднему не исключали. 
А расчет по-среднему исключает это время.
Будет достаточно справедливым в этом случае учитывать годовую премию пропорционально ФРВ/НРВ для среднего. В противном случае мы видим необоснованное завышение суммы среднего заработка.
Но самый честный коэффициент будет если в качестве ФРВ будет браться ФРВ по правилам, по которым его посчитали при начислении годовой премии. Но у нас нет такой опции. У нас либо по графику работника, либо по РВ для среднего.

1) Давайте уточним что значит "аналогично бумажной форме". Вы хотите распечатать сам листок нетрудоспособности так, как он выглядит на "синем листочке"? Или речь идет о возможности распечатать ту форму, которую вы печатаете при расчете больничного (сумма среднего, стаж, суммы выплаты)?

Если речь про "синий листочек" - пока не видно целесообразности? ЭЛН он на то и ЭЛН, чтобы избежать "бумажной волокиты". Ну то есть мы можем взять задачу печати "синего листочка" в каком-то отдаленном будущем. Но сейчас есть более насущные проблемы.

Если речь про печатную форму при расчете - печатать ее теоретически можно, но в "усеченном" объеме (без подробной информации о суммах в расчетном периоде для среднего).

2) Ограничение доступа к ЛС есть. Расчетчик не увидит те больничные по ЛС, к которому у него нет доступа. Но сейчас есть одно "но". Это будет только в том случае, если у вас для данной записи ЭЛН виден табельный номер, то есть ЭЛН заводился путем выбора лицевого из списка сотрудников. Скорее всего Ваш вопрос касается тех ЭЛН, по которым табельного нет.
Задача добавлять информацию о табельном номере, если он отсутствует, в списке задач есть.

Делать ограничение на уровне организации, скорее всего, не очень правильно. Так как можно дать доступ к лицевому счету, относящемуся к другой организации, даже если у расчетчика исходно доступа к этой организации нет. Соответственно пойдут вопросы "а почему я не вижу этого работника в реестре ЭЛН".

Если через браузер получается увидеть и скачать обновления, то, возможно, на компьютере есть какие-то ограничения на доступ в Интернет на уровне приложений (настройки firewall?)

Настройка эта.

Для граждан ЕАЭС по 13% облагается только то, что является оплатой труда.

Минфин многократно разъяснял, что отпускные это не заработная плата (в разъяснениях касающихся даты фактического получения дохода).

Да, потом выходило письмо Минфина (реквизиты не помню сейчас) - что для обложения граждан ЕАЭС НДФЛ можно считать отпускные заработной платой. Мне эта позиция: "в вопросах даты фактического получения дохода отпускные не являются зарплатой, а в вопросах выборы ставки обложения - являются" кажется достаточно странной и непоследовательной. Плюс учитываем, что Минфин свою позицию меняет с незавидной регулярностью. Поэтому, по умолчанию, в настройке отпускные относятся к повышенной ставке исходя из соображений: последствия излишне удержанного НДФЛ менее вредны для бухгалтерии, чем недоудержанный налог.

Если бухгалтер все эти моменты осознает и понимает, что он делает, он смело может поменять настройку.

В меню для РСВ есть сверка с СЗВ-М, в меню для СЗВ-стаж есть сверка с РСВ и СЗВ-М.

Через этот режим есть смысл сравнивать, только если какие-то отчеты формируются вне программы Контур-Зарплата, или если в программе Контур-Зарплата для правильных отчетов не выставлены правильно статусы "В работе" или "Отправлен". Если же все отчеты формируются в Контур-Зарплата и статусы все правильные то: