В обновлении будет исправлено.
Проблема была в том, что каким-то образом было удалено продление больничного, но при этом у первичного больничного осталась ссылка на удаленное продление.

Чтобы посчитать продление не дожидаясь обновления, можно:

1. Зайти в старый интерфейс кадровой части этого сотрудника.
2. F6 (чтобы стали видны все поля кадровой части)
3. Ctrl+A+A (не отпуская Ctrl) - переход в служебный режим
4. Найти поле кадровой части "Параметры рассчитанных БЛ"
5. Если служебный режим на шаге 3 был включен, то появится полный список всех когда-либо рассчитанных БЛ.
6. Вам в этом списке надо найти строчку с датой 24.10.2018. У вас их там будет две. Вам нужна та, у которой в следующем столбце (с заголовком "А") стоит цифра 1.
   
7. Для этой строчки дойдите до столбца с заголовком "21".
   
8. Исправьте в этом столбце стоящее там значение "3,371" на "0,0".
9. Выйдите с сохранением (по F10) из Лицевого счета
10. После этого можно считать продление заново.

ПО ПД модуль для разработчиков.

это если говорить про Контур-Зарплата.

Про Контур-Экстерн надо спрашивать не у Контур-Зарплаты. Ну и потом у них то нет проблем с конфигурацией, они же не на десктопе запускают.

У вас две должности относящиеся к одному ОКТМО. 
Сейчас прием осуществляется так: взять первую должность - выбрать по ней данные для НДФЛ, взять вторую - выбрать данные. Объединить данные, если они относятся к одному ОКТМО.
Доходов той должности, по которой предоставляются вычеты не хватает на все вычеты. Надо хотя бы для одного месяца вычеты предоставить для второй должности.

Попробуем что-нибудь сделать, чтобы данные выбирались сразу по всем исполняемым должностям, относящимся к одному ОКТМО. Тогда этой проблемы быть не должно.

?! Мы ничего не меняли :)

Ну первое что вам надо проверить: какое РВ берется для оплаты при расчете за первую половину и какое при расчете за полный месяц. Скорее всего проблема именно в этом.
Что это за вид оплаты такой, который считается "по-среднему" и его надо рассчитывать при расчете за первую половину? "Аванс" (расчет за первую половину) - считается по основным видам начислений и расчеты по-среднему к ним точно не относятся. По-среднему надо считать отдельно.

Ссылки на какой-либо калькулятор не являются сами по себе доказательством чего-либо.

Посчитайте на упомянутом калькуляторе больничный с 01.05.2018 по 31.05.2018, поставив в доходы 300000 (чтобы не по МРОТ расчет среднего шел) и на последней вкладке выберите "стаж меньше 6 месяцев" (ну или на первой странице нарушение режима с 01.05.2018) и сверим правильные ответы.

25.06.2012 релиз 561.3
+ В список шаблонов сводов добавлено 3 дополнительных поля: Алг.Разб., Исключить, Порядок
Столбец "Порядок" можно использовать для сортировки шаблонов, "Исключить" - для того чтобы не отображать не используемые  шаблоны в панелях где предлагается выбрать свод, "Алг. Разб." - на тот случай если у клиента есть своды, которые всегда должны готовиться с разбиением. Если в этом столбце указан алгоритм разбиения, то даже при подготовке по F7 свод будет подготовлен с разбиением по этому алгоритму.
+ В списке алгоритмов разбиения добавился столбец "Исключить", позволяющий отключить неиспользуемые разбиения.
+ Возможность готовить свод за период месяцев, к тому же пока не реализовано отдельное сохранение сводов за разные периоды, т. е. свод за период перезатрет такой же свод за текущий месяц).
Для того чтобы было возможно подготовить свод за период необходимо в "доп. настройки для сводов" добавить настройку с псевдонимом "SVODPERIOD" и поставить там 1.