В следующем обновлении в настройке можно включить сохранять уникальность СНИЛС для одного файла реестра.

Он впервые появился в спецификации ФСС от 09.12, в АРМ ФСС он появился в одной из последних версий. Проверка на наличие этого флага была включена с 20.12

Звучит странно.
АРМ ФСС СВ внутрь себя принимает реестры с двумя одинаковыми СНИЛС без выдачи ошибок.
Отправляет ли дальше - не знаю.
Ничего в этом отношении делать пока не планировали. Хочется увидеть отрицательный протокол вида "в присланном реестре два раза один и тот же СНИЛС", чтобы не делать пустую работу.
Слова "инспектора" это всего лишь слова инспектора.
Постановление очевидно не определяет регламент для реестров (могут ли повторяться СНИЛСы в реестре). Постановление говорит о том как в теории должны посчитать смены.

А можно повторять СНИЛС в одном файле или нет - должно определяться требованиями к описанию файлов. В регламенте ФСС я не вижу никаких запретов на повтор СНИЛС.

Думаю что мы решаем не ту проблему.
По Постановлению мед.организация обязана по одной должности за один отчетный период посылать суммарно информацию о количестве смен.
Если мед.организация что-то "докидывает" за месяц, она должна подать корректировку по этому сотруднику, этой должности. Указав номер первичной записи в первичном реестре, которую надо заменить в ФСС.
Возможности "дослать" только недостающую часть не предполагается.

65+ проще всего корректировать из КЭ, об этом писалось сразу, когда появились 65+.
Они не ложатся в обычную схему работы с больничными.

Расчет среднего почему-то делается за 13 месяцев. Захватывается 11.2020 (хотя не должен).
Если руками убрать из расчетного периода 11.2020 (что правильно!), то все нормально напечатается.
Почему за 13 месяцев, пока не знаю. Разбираюсь

В постановлении сказано только про то, что отдельными строками подаются внутренние совместительства. Про отдельные категории в рамках одного совместительства там не упоминалось. Поэтому мы такой вариант не предусматривали.
Как сказал Николай сделаем вариант с разбивкой по категориям/строкам. Но с учетом того, что сегодня уже 10 (последний день сдачи реестров за ноябрь), то уже к следующей отправке.

Период задается относительными месяцами 0 - текущий месяц, -1 прошлый.
R_Summ выборку делает по внутреннему коду вида. 509 - внутренний код?