Можно не оставлять пустым. Можно оставить как есть заполненным. Смысл в том, что если какой-то сертификат заполнен в настройке организации, то для лицевых счетов относящихся к этой организации будет использован именно этот сертификат. А для тех у кого сертификат в организации не заполнен будет браться сертификат из настроек ЭЛН.

Если программа знает что Иванов относится к Организации 1, ей несложно взять сертификат из Организации1

Тогда зачем оно вообще там нужно?

Ну допустим у вас куча справок по организации, но это всего лишь обособленные подразделения. Вы хотели бы в каждое обособленное подразделение сертификат прописать, или один раз в настройке ЭЛН?

Не, нам конечно не сложно делать импорт и из такого полуфабриката. Но это неправильно. Это же означает, кто угодно может в текстовом редакторе набить что угодно и подсунуть этот расчетчику как ЭЛН подлежащий расчету. Крайним кто окажется при таком подлоге? 

Ну и это сейчас только возможно, когда мы с ЭЛН работаем напрямую при расчете больничного. А в версии где мы храним полноценные ЭЛН в реестре, мы вообще не будем знать под каким соусом этот полуфабрикат обрабатывать.

Проведем разъяснительную работу с Контур-Экстерн.

Скорее всего у вас в TABLREF лежит пользовательская форма печати БЛ FORMBL1.usr, которая была создана на основе поставочной, когда еще не было печати в Excel.

Либо удалите ее, либо оставьте текстовую печать.

Пользуетесь каким криптопровайдером? А в настройках ЭЛН выставили этот тип криптопровайдера?

это как должен выглядеть ЭЛН до того как встретится в файле OUT_ROWSET

Извините, но это не ЭЛН. Это просто xml-файл. Мы не импортируем данные просто из xml-файла. Мы импортируем данные только из ЭЛН.

Если вы точно знаете какие блоки должны быть в 6-НДФЛ, в самом крайнем случае можете их просто набить в отчет.

Что касается приложенного Excel мне он не очень понятен. Я не могу понять почему разница есть 10.10.2017 на 7485.94 если сказано (ведомостью!) что эта сумма была выплачена, а платежки при этом нет? Что в отчете то должно быть?  Этого блока не должно быть? Он должен быть с другими датами?

И так по всем остальным строчкам эксель файла.

Месяц с которого абсолютно все даты выплат стали фиксироваться ведомостями.