Андрей, а вопрос собственно в чем? 

Надо ли указывать возмещение за прошлый год? - Надо

Должна ли будет организация бюджету? - Если заплатили все что стояло бы в строке 90, если бы не было возмещения за прошлый год - нет не должна.

Как это увидеть по отчету РСВ? - Научиться исключать в уме или на калькуляторе возмещения за прошлый год(ы).

Будет ли меняться форма РСВ? - Как показывает житейский опыт, конечно будет. Но не факт, что в лучшую сторону.

Речь про поиск в этом списке?

так ФСС или РСВ. В РСВ-2017, как уже написал Николай есть возможность для каждого раздела сформировать реестр (в разделе справа в верхнем углу меню "действия с разделом").

И у Калуги есть своя какая-то проверочная программа (клиент оч торопился и не смог толком продиктовать ее имя), которая как-будто ходит в налоговую и там проверяет файл. Так 1С ники объяснили. В протоколе данная проверочная программа выдает сообщение о том, что формат файла не соответствует или что-то подобное. Причем программа проверочная от 2016 года!!!

Скорее всего программа ориентируется что у имени файла фиксированная длина, а значит они ждут что в качестве уникального номера файла используется GUID. Для этого надо выставить в настройках нумерацию файлов в ФНС через GUID а не порядковыми номерами (Николай про эту настройку написал).

На месте клиентов я бы давно уже на GUIDы перешел.

Если бы ФСС был не готов принимать 4-ФСС то мы бы про это знали (как никак 10 апреля на дворе).

Похоже что был сбой на шлюзе ФСС.

Сейчас попробовал еще раз выслать файл на тестовый шлюз. Принялся без ошибки. Так что посылайте еще раз.

Завести отдельный вид "НДФЛ с больничных" и настроить его соответствующим образом.

Появилась возможность рассчитывать налог с определенных видов.  
Например, схема расчета налога с БЛ за текущий месяц:
Налог с (общей суммы за все месяцы) –    Налог с (общая сумма за все месяцы без суммы БЛ за тек.месяц)

Все вычеты предоставляются при расчете обоих налогов, в результате налог с БЛ будет  всегда равен БЛ*13% за исключением случая, когда Вычеты>Дохода  
Для настройки расчета налога с БЛ нужно:
-      Завести столбец(например 28), где отметить виды БЛ символом 1
-      У вида налога с БЛ поставить алгоритм 205 с параметрами 1,*,0,28  - где 28-номер столбца
-      порядок расчета меньше чем у 305 вида,
-      все остальные столбцы ТВХ = как у 305 вида (особенно Спец18..)
-      в настройке налога у вида налога с БЛ - символ Н в столбце Доп. За исключением случаев, когда данный вид налога заведен «справочно», т.е. мнимым видом.  

Чтобы настроить расчет и учет налога с БЛ по источникам, то нужен второй вид налога (по источнику), у которого:
-      порядок расчета меньше чем у осн.вида налога с БЛ,
-      алгоритм 205 с параметрами 1,*,1,28  - где 28-номер столбца
-      все остальные столбцы ТВХ = как у 505 вида
-      в настройке налога - символ Н в столбце Доп.
-      в столбце для налога с БЛ (в нашем случае 28ом) символ 2

По умолчанию приватные сообщения падали в Helpdesk Контура. Исправил. чтобы падали в Helpdesk Контур-Зарплата.
В тикетах похоже только свои. У сотрудников тех.поддержки единственная возможность увидеть все тикеты - "интерфейс оператора", учтем это на будущее.

Ответ написал Николай. Дальнейшую переписку можно вести уже в тикете.

А приватное сообщение было написано? Просто в тех "тикетах" (приватных сообщениях) которые открываются по умолчанию у меня я вижу одно единственное тестовое приватное сообщение которое отправил я сам с помощью электронной почты. Других приватных сообщений я не вижу.