Если в старом заполняется. То и в новом должен заполняться. Это абсолютно одинаковые таблицы  одинаковый механизм заполнения. Просто в новом интерфейсе еще есть возможность это все смотреть и корректировать.

Сохраненку? Никаких догадок у нас нет.

При обновлении полной поставкой - сетка не трогается.

При обновлении патчем (веб-обновлением) - если файл сетки есть в патче, то сетка будет заменена.

66 строка для тех же целей, для которых вы заводите 42 строку.

У нас пока нет механизма обновления отдельных строк в сетке.
Подумаем что можно сделать.

Нет. И не планируется.

• фильтры по ЛС
• Наборы лицевых
• Комментарий к лицевому счету (сейчас нет, но мысли по этому поводу есть).

Бухгалтер наверное хочет "пометить" цветом кого-то из работников, по которому надо что-то не забыть сделать.... 

Обновление выйдет. Там все будет.

Роман, может сохраненку выложите, чтобы мы посмотрели. Или погадаем на кофейной гуще?

Адрес в стране проживания - лишнее.
СНИЛС и гражданство добавили. ОКТМО исправили, индекс добавили

РегистрНДФЛ.zip

В первую часть журнала 6 суммы выбираются те же что и в обычный свод по ШЗ или видам Н-У. Вопрос может идти разве лишь о том, что сумма за будущие периоды у вас опять таки "вылезла" вверх, а не встала в нужную строчку из-за других счетов дебета и кредита

Добрый день!

В программе это выглядит так: признак увольнения не ставится, а табель не заполняется.

Это Вы описали как уволенные заведены? Программа уволенных опознает только по проставленной дате увольнения. Расчет среднесписочной тоже ориентируется только на дату увольнения но никак не на "незаполненный табель".
Расчет среднесписочной не меняли. Так что ничего не должно было у вас измениться.

Предположу что вопрос по первому разделу 6-НДФЛ (начисленный налог) и 2-НДФЛ. Рубль всплывает из-за разделения налоговых баз в форме по совместительствам. В ЛС это все обсчитывается как одна единая налоговая база по работнику.

Все очень просто. Наверх "лезут" строчки, для которых не нашлось никакой подходящей (по ключевым реквизитам) строчки среди шаблонных. В данном случае у вас нет среди шаблонных строчек у которых был такие же Счет дебета и счет кредита.