Ваши комментарии

При включенной галке "Аванс (не учитывать в 6-НФДЛ)"  ведомость работает как-будто выключена настройка "Учет предыдущих ведомостей", т.е. не разносит idved учтенным суммам и не учитывает предыдущие выплаты

В файлах zpl.net\FssBenefits\FBRegistry*  хранится только LsId, там нет табельного номера и получается что если ЛС удалили то потом при приеме обратно с другим lsId программа не знает что старые пособия относятся к этому же ЛС.
Лучше все-таки сделать нормальный сетевой вариант, у тысяч клиентов работает без проблем.
Чтобы максимально исключить сетевые конфликты сделайте работу через терминальный сервер.

P.s.  что такое "кэширование по сети" ? 
Описанные вами проблемы характерны при включении встроенного в windows сервиса  "Автономные файлы" (если на машине расчетчика у сетевой папки ZPL в свойствах поставить галку "Всегда доступны вне сети")

Если бы был пример вашего кода, у нас было бы больше шансов помочь.

Попробуйте _XlsObj.Run("имя_макроса");

Сервис поддержки клиентов работает на платформе UserEcho