Ведомость к увольнению берет сумму к выплате вот из этой ячейки

Сумма туда попадает при расчете увольнения.

Может вы после увольнения какие то перерасчеты делали?

если ндфл брать из ЛС, то он будет совпадать с налогом в ведомости.

Про то что "ничего и нигде не вылезет" я промолчу... 

Чтобы галка по умолчанию была убрана - поставьте 0 в "Расчет налога в ведомостях по видам Н-У" (Настройка -> 5.  Настройки таблиц и форм печати -> 3. Настройки платежных (кассовых) ведомостей)

Когда налог нужно рассчитать - вы галку взводите...

Причем, формировать нулевую 2-НДФЛ нужно в разделе "Справки для сотрудников"

Расчет налога в ведомости немного отличается от расчета налога в ЛС:

ведомость учитывает доходы и ндфл , попавшие в другие ведомости, а расчет налога в ЛС учитывает только доход рассчитываемого источника (исключение итоговый источник).

Поэтому получается разница.

Думаю вам не стоит выставлять галку - "расчет ндфл в ведомости" , а рассчитывать ндфл в ЛС и делать выборку по 4м видам: 140,840,505,305

1. На календарь не взглянул...Значит вы 2 раздел заполняете по дате в 120 строке? Я бы не советовал следовать абсолютно всем письмам ФНС, а больше руководствоваться здравым смыслом и НПА. Тем более позиция ФНС от письма к письму очень часто меняется.
2. Можете привести соответствующую цитату из буквы закона?
3. Мне показалось странным, что вы привязываете начисление квартальной премии к периоду отпусков.. ну да ладно, не будем философствовать

Срок перечисления НДФЛ -02.07.2018

02.07.2018 это  наверно не срок перечисления ндфл ( с отпускных срок перечисления - конец месяца) , а дата выплаты  дохода (дата удержания ндфл)

 Во второй раздел не попадает сумма отпускных, а в первый попадает

Какой в этом криминал?

если я её начислю в июле, то это уменьшит отпускные, сотрудникам , уходящим в отпуск в июле

А тем, кто пойдет в отпуск следующем году в июне - увеличит отпускные...

Начислять отпускные в том месяце, в котором вы их будете выплачивать.

С чем вы будете сверять такие отчеты?

Какой код у этого подразделения?