На сохраненку можно взглянуть?

Проверьте настройку 

Настройка -> 5. Настройки таблиц и форм печати -> 3. Настройки платежных (кассовых) ведомостей -> Принимать ЛС без зарплаты но с НДФЛ

Добрый день.

Удержания в базу НДФЛ не включаются.

Я бы сформулировал проблему так: 

не рассчитался НДФЛ, потому что не формируется ведомость на выплату, т.к.  сумма к выплате ноль..

скорректируйте таблицу, чтобы она не разносила дату выплаты.

в обновлении скорей всего программно отключим учет таких дат..

Если эту дату убрать из суммы по виду 144 ( в ЛС 2 таких строки!)

То ведомости посчитают такие налоги

если дата выплаты февраль - к доходу применяются вычеты за  месяца (январь-февраль)

больше вычетов-> меньше налог..

А можете пояснить как и зачем вы разносите на вид 144 дату выплаты?

И когда реально была выплачена эта сумма?

хорошо, тогда закрываю тему.

Остальные вопросы в отдельном топике..