Если говорить про файлы отсылаемые в ФНС: Контур-Зарплата с версией формата 5.06 для 2-НДФЛ еще не выходила. ПФ-Отчет выходил.
Если говорить про печатные формы: ПФ-Отчет выходил, в Контур-Зарплата пока новая форма только для справок выдаваемых на руки сотрудникам. Для ФНС будет в 599.1

Тестирующаяся сейчас 599.1 работает с этими сертификатами.

Только немного неверная формулировка в вопросе. Вроде как ПФ хочет видеть ДЛОТПУСК не при отсутствии дохода, а при отсутствии доп.взносов (это в общем случае не одно и то же).

Версия Контур-Зарплата 599.1 с новым форматом 2-НДФЛ для ФНС (и не только это) проходит тестирование.
ПФ-Отчет с новым форматом 2-НДФЛ для ФНС уже неделю как выпущен.

Таблицы массовой обработки - Очистка сумм в лицевых счетах

В ней надо функцию разноски раскомментировать, предварительно прочитав инструкцию:

"Внимание! функция разноски закомментирована. Прочитайте инструкцию DOCAMBA\clearsum.txt ClearSummLS(M1,M2,1,Vid,Src)

Добрый день, Ангелина.

1) Либо я неправильно понимаю вопрос, либо вы другое значение в настройку поставили.
Развернул Вашу сохраненку. Там исходно в этой настройке почему то с 01.01.2018 стоит 0! Хотя в поставочном варианте стоит 3.

Чтобы расчет шел по МРОТ а не по фактическому заработку, надо вместо нуля поставить поставочное значение 3.

2) Если зайти в настройки больничных и по F6 сравнить их с поставочными то там много отличий будет.

Например меня смущает тот факт, что вы для нарушения режима и для стажа 6 месяцев в ограничение добавили коэффициент занятости. В этих случаях ограничение делается МРОТ+РК без коэффициента занятости.

Ой, про последнюю дату приема я и забыла...

Так у вас при старой дате приема и среднее для отпусков и т.п. считаться будет неверно (будет считаться что он все время работал).

Все остальные значения настройки описаны в комментарии к настройке:

0 - все разрешено, 1-не добавлять б/л, 2-не добавлять декретные,4- административные, 8-отпуска по уходу за детьми,16-простые строки стажа,32-договора подряда

+ 64 - не добавлять в стаж периоды работы по разным исполняемым должностям (смотреть только на основную должность, как было до начала 2018 года).

Еще в поставке есть 417_2015.xlt. Может быть вас устроит поставочная форма 2015 года? Там есть и ответственный исполнитель.