Ключом является дата и номер платежки. Поэтому запись по одной платежке может быть одна.
Можете добавить к искодному номеру платежки добавку 12345/1, 12345/2 или как-то еще. Так чтобы номера были разными. Тогда все разнесется.

Его, по-хорошему, надо пересобирать после некоторых обновлений (как раньше пересобирался layeropn.dll")

return GetEnterpriseNameForReporting(номерорганизации);

Что возвращает функция определяется настройкой:
Настройка -> 5. Настройки таблиц и форм печати -> 1. Общие настройки таблиц и параметров печати -> Наименование предприятия (в интерфейсе)

Судя по скриншоту справки в службу занятости туда и так подгружаются дата приема и дата увольнения из поля КЧ?

Добрый день, Анатолий.
Для ускорения решения проблемы лучше сразу прилагать вашу таблицу.
Доп.реквизиты сейчас из нужной строки вытаскиваются?
Если да, то есть смысл, поставить вытаскивание БЗ после столбца с кодом оклада.

Так как пользователю будет не очень понятно видеть код оклада не 104 (как он привык) а 4, то луче если в столбец будет вытаскиваться внешний код (Intern_To_ExternE(GetCode(inCode)));
Чисто для красоты есть смысл в этом случае имя поля сделать не IntCode а
ExtCode... ну и тогда где обращались к IntCode надо заменить на
Extern_To_InternE(ExtCode)

Тогда вытаскивать БЗ можно будет R_BZ(0,0,ExtCode);

Можно не ждать 600.1.
600.00 тоже должна нормально отработать. Тут есть: https://kz.skbkontur.ru/web_updates

Прописывать сертификаты в настройках хуже (в какой-то момент они поменяются и надо не забыть очистить настройку).

12 августа 2019 г. в 21:00 будет заменен сертификат ФСС по ГОСТ 2001 на продуктивном контуре ЭЛН. Не забудьте скачать и установить новый сертфикат ФСС по ГОСТ 2001!
https://lk.fss.ru/eln.html

Можно обновиться на релиз 600.00 или выходящее обновление 600.1

P.S. Если обновляться не хотите, то можно скачать и установить новый сертификат ФСС для ГОСТ 2001 и прописать его в настройках.

Если вы в запросе укажете что справку надо формировать по июль 2019, то в поле "по" у вас будет дата увольнения.
Что касается указания периода с 11.07.2018 - сложно однозначно сказать. Мы пошли по пути как считается средний, но похоже были не правы. Исправим.

В моем понимании ошибка, это когда что-то сделали, но работает неправильно (не так как задумывали).

Отсутствие какой-либо возможности это не ошибка.
Расчет отпуска по цепочке должностей в КЗ в принципе не делался. В частности потому что большинство клиентов на интеграции не заводят отдельных должностей при переводе.
Задача такая есть. Конкретные сроки сейчас назвать не могу. С учетом того, что за последние два месяца это минимум второй "сигнал" о востребованности этой функциональности, постараемся повысить приоритет у этой задачи.