Да никаких последствий не будет.
Вы исходный отчет сдали не нарушив порядок заполнения.
Сумма страховых взносов посчитана верно.
Форма РСВ не предназначена для помесячного отражения признака застрахованности для каждого человека.

То что отдельные таланты в некотором ведомстве считают, что "наличие суммы" (пусть и нулевой) в каком-то месяце должно являться признаком застрахованности (при этом никак не отразив это в порядке заполнения) - это ошибка этих талантов и она не влечет наказания для вас.

Можем проверить как относятся последние версии проверочной программы к нулевым суммам в блоке с категорией застрахованного в исходном отчете. Если не ругаются, то можем вернуть формирование блока с нулевыми суммами (по настройке конечно, а то у них 7 пятниц на неделе).

Можно, если заменить поставочный алгоритм начисления алиментов на свой. Ну или дорабатывать поставочный. 
Сейчас поставочный алгоритм работает по схеме:
1) посчитать сумму за месяц так чтобы не превысить долг
2) при переводе в следующий месяц уменьшить сумму долга на сумму алиментов в текущем месяце
и т.д.

Это поставочная таблица "Уплата НДФЛ в ЛС (по начислению)" она выбирает исчисленную сумму НДФЛ.
Вы можете на ее основе создать свою таблицу и в ней заменить функцию приема в столбец для НДФЛ.

1) можно показать взаимодействие только с ЭЛН. С ПВСО КЗ пока не взаимодействует иначе как файл сформировать.
2) Не очень удачное время работать с тестовым сервисом ФСС по ЭЛН.
а) Он у них после появления ЭЛН 2.0 постоянно в каком-то полуразобранном состоянии (сегодня не работает одно, завтра другое). Причем именно на тестовом.
б) На тестовом сервисе ФСС нет "настоящих ЭЛН". + сейчас нет кабинета тестового страхователя, в котором можно было бы пойти посмотреть какие ЭЛН в кабинете есть и потом эти же ЭЛН в КЗ скачать. Поэтому чтобы работать с тестовым сервисом ЭЛН для начала надо научиться создавать тестовые ЭЛН (освоить АРМ ЛПУ ФСС). 

3) работа с тестовым сервисом ЭЛН включается путем добавления настройки в настройках ЭЛН с псеводнимом "TestMode" и указанием в этой настройке 1. Из поставки убрали, потому что многие втыкали в эту настройку 1 и думали что при этом смогут работать с боевыми ЭЛН как бы в "изолированной песочнице".
А потом мы отвечали на вопросы почему не находится ЭЛН с таким-то номером и СНИЛС.

4) для скачивания ЭЛН нужен сертификат для ЭП и шифрования. Если вы планируете использовать сертификат организации, то непонятно зачем работать с тестовым сервисом. Показать что ЭЛН скачивается можно и на боевом.
Отправку можно не делать ограничившись фразой: "сейчас можно отправить, но мы этого делать не будем, так как у нас ЭЛН заполнен тестовыми данными расчета"?

Игорь, если вы сделали свою сетку и там по другому заполняете название то все работает?
Просто вы написали "опять не подтягивается"...
У вас нарушилась работа с вашей сеткой?
Вы хотите чтобы в стандартной сетке работало так и вы перейдете на стандартную?

Вообще справочник mtbz_subdivisions.tab появился для настройки интеграции с МТБЗ в ХМАО.
Поэтому ни в какой другой логике он не был задействован.

Выглядеть это будет странно. Мы в общий справочник должностей добавляем столбец "должность для отчета в МинСТРАХ". Через какое-то время про этот отчет забудем как про страшный сон, а столбец в справочнике должностей останется.
В поставке мы согласились только на соответствие "должность организации - должность ФРМР", как оно и было в самом начале, пока Минздрав не понапихал туда все что ни попадя.
Сейчас проблему надо решать на уровне какой-нибудь "сетки", которая будет выступать "таблицей соответствия". В справочник должностей мы не готовы пока пихать какие попало столбцы.

Из минусов возможны следующие:
1) при обновлении frmr_doljn в поставке он у вас заменится
2) при каком-нибудь очередном отчете для медиков мы можем считать, что в столбце таки указаны должности по ФРМР а не дворники и уборщицы

Сложно сказать. Вы ничего не написали как был начислен исходно больничный. По схеме ПВСО или по зачетной.
Если по зачетной, то много чего меняется кроме номера больничного.

Добрый день, Елена!
Я правильно понимаю, что речь идет по больничным отправленным в виде реестра ПВСО?
В настоящий момент основная сложность как программе понять - отправили бухгалтера больничный или нет. Программа же еще не сама отправляет. Она только позволяет экспортировать файл.

Как вы или ваши бухгалтера это видят?
Бухгалтера готовы вручную выставлять статус "Отправлен в ФСС"?

Сейчас в программе есть статус "архивные". Может быть вашим клиентам подойдет схема работы: как только отправили реестр - перевести запись в архивные? Тогда без всяких распечаток клиент будет видеть "ага, эти больничные уже отправлены"?