Роман, может сохраненку выложите, чтобы мы посмотрели. Или погадаем на кофейной гуще?

Адрес в стране проживания - лишнее.
СНИЛС и гражданство добавили. ОКТМО исправили, индекс добавили

РегистрНДФЛ.zip

В первую часть журнала 6 суммы выбираются те же что и в обычный свод по ШЗ или видам Н-У. Вопрос может идти разве лишь о том, что сумма за будущие периоды у вас опять таки "вылезла" вверх, а не встала в нужную строчку из-за других счетов дебета и кредита

Добрый день!

В программе это выглядит так: признак увольнения не ставится, а табель не заполняется.

Это Вы описали как уволенные заведены? Программа уволенных опознает только по проставленной дате увольнения. Расчет среднесписочной тоже ориентируется только на дату увольнения но никак не на "незаполненный табель".
Расчет среднесписочной не меняли. Так что ничего не должно было у вас измениться.

Предположу что вопрос по первому разделу 6-НДФЛ (начисленный налог) и 2-НДФЛ. Рубль всплывает из-за разделения налоговых баз в форме по совместительствам. В ЛС это все обсчитывается как одна единая налоговая база по работнику.

Все очень просто. Наверх "лезут" строчки, для которых не нашлось никакой подходящей (по ключевым реквизитам) строчки среди шаблонных. В данном случае у вас нет среди шаблонных строчек у которых был такие же Счет дебета и счет кредита. 

При создании справки укажите период 01.2017 - 12.2017.

Мы поправим справку чтобы когда указываете период 10.2017 - 12.2017 она не выдавала сообщения что первым месяцем должен быть январь

Исправим

Светлана, мы пока не понимаем друг друга.

Я понял проблему с отпусками будущих периодов. В качестве решения я могу дать ответ вашими же словами:

CollectSummProp(ST_ALIMENT-1,0,mrasch, CL_MV | CL_COL | CL_NACH,CurProp);  
Начисления выбираются правильно(видит отпуск будущего периода),
но не верно вычисляет в случае, если алименты рассчитываются за неполный месяц. Что-то не так с алгоритмом алиментов по начислению. А он очень нужен.

В чем неверность для неполного месяца? Как в вашем понимании верно?