Ну потому что отпуск нужно выплатить отдельно ведомостью по набору видов

Желание выплатить отпускные отдельной ведомостью - понятно.

Но почему при этом выбирается именно ведомость по набору видов - непонятно.

Сделайте отдельную ведомость с типом "зарплата", в нее профсоюз попадет в полном объеме.

Добрый день

Табличкой не поделитесь? Или это поставочная таблица?

"Пропорциональность" строится по всем доходам на источнике, а не только по тем, которые еще не выданы.

Если вы хотите выплатить ВСЕ что еще не выплачено - сформируйте ведомость "зарплата". Зачем вам в данном случае ведомость по набору?