Добрый день.

Можно переопределить функцию, вычисляющую ШЗ.

Смотрим ..\SCRIPT\user\USSHIFRZ.S 

Ничто не мешает на скрипте написать "свой" алгоритм.

Он простейший - считаем по табелю кол-во символов отпуска,  умножаем на БЗ, делим на 100 ...

з.ы. Предварительно нужно заменить ( zamena_simv_v_tab ) символы О на нужный символ для доп отпуска

Это можно сделать в самом начале алгоритма. 

Подозреваю что кто то вручную поправил табель( поставил "лишние" буквы О)

либо рассчитывали отпуск несколько раз ( при первом расчете указали неверный период отпуска)