Плохо понимаю о чем речь.

Выложите сохраненку с конкретным ЛС и распишите что и как вы хотите получить

Отключите автономные файлы на всех машинах

повторил, разбираемся

https://kontur.userecho.com/knowledge-bases/51/articles/6508-kak-sdelat-sohranenku

Добрый день.

Выложите сохраненку с проблемным ЛС

Добрый день.

Запрос "формировать ведомости по источникам" - понятен  и тут проблем никаких нет ( у вас же поводиться в ЛС баланс по источникам?) 

А для чего вам выплата по "должностям"?

Добрый день.

Если вы ведомость на выплату 15.02 формировали в январе (до переход в февраль!), то в квиток 01.2023 попадет НДФЛ за 02.2023..

Добрый день.

Должно быть все верно, если общих доход по коду 2000 за месяц будет превышать доход, выплаченный в аванс.

Легко проверяется на одном "тестовом" ЛС...

Добрый день.

Сделали расчет по 15.01 , сформировали ведомость , выплатили

Сделали расчет по 16.01 , сформировали ведомость , выплатили разницу (за один день)

и т.д. ..

Не нужно никаких хитрых схем!

Поставьте сумму к выплате в облагаемый вид ( например в оклад) и сформируйте ведомость "по произвольному виду"