Игорь, так если у тебя сделано, точно надо в поставке?
Касается только Челябинска похоже?
И формы у нас нет, и порядка заполнения.

У нас к этому вопросов пока больше. Это же опять куча настроек "кого не включать форму", "по какому столбцу заполнять", "как считать среднемесячную".
Глядя на твой скриншот еще и вопрос возникает "и причем здесь СНИЛС"? (он где-то левее-правее)?

Дашь форму и порядок? Мы хотя бы взглянем на нее.

З.Ы. неофициальные слова/эмоции я даже не готов озвучить.

думаю не надо ссылку. 
Надо исправлять.

До конца апреля должны включить в поставку

1) У вас наверное настроена разбивка по ОКТМО сотрудников.
2) В той разбивке что настроена у какого-то сотрудника получаются ссылки на 4,5,6 и т.д. предприятия.
Что в настройках формы 2-НДФЛ для разбивки по ОКТМО стоит? Надо плясать от этого.

Сформируйте старую "обычную" справку 2-НДФЛ за первые три месяца по этим людям.
Там будет видно какие доходы в какие месяцы встали.
Данные во втором разделе 6-НДФЛ должны были заполниться так, как вам старая 2-НДФЛ покажет (если конечно речь не идет о превышении 5 млн. рублей).

Обращаю ваше внимание, что Приложение 1 для квартальных отчетов формируется "справочно". В сам отчет он не идет. Приложение 1 сдается по итогам года.

да. Только какое отношение имеет таблица платежей к 6-НДФЛ?
В 6-НДФЛ не дата платежа же нужна, а срок уплаты.

Пересчитанный доход как учитывается по месяцу принадлежности или месяцу начисления?
Все же очень просто: смотрится доход с начала года на каждый месяц. Если в месяце с начала года больше 350 000 - за этот месяц вычет не предоставляется.
Предположу что у вас поставлено что доход облагается по месяцу начисления поэтому то, что вы сделали пересчет в апреле за март, абсолютно никак не меняет налоговую базу марта.
Либо менять признак обложения, либо корректировать отрицательный пересчет с помощью 277 вида (универсальный доход). Поставить на него пересчитанную сумму с "+" в апрель и с "-" в март. 

1. что значит "выплаты по ГПХ" и "подарки" все в кучу?
О каком разделе (где всё в кучу) идет речь?
2. Исправление Приложения 1 даже в годовом отчете не планировали отражать на изменении Раздела 2.
3. Оттого что вы что-то поправите в Приложении 1 у вас ничего не изменится в лицевом счете. И когда вы будете готовить отчет за полгода, вы опять будете "растаскивать кучу"? А потом еще раз за 9 месяцев и еще раз за год? 

Из всего перечисленного не очень понятно только для чего может пригодиться п.2
По всему остальному у меня нет возражений :)