Чего-то Вы тут намудрили... Неоплаченный документ - это счет. И логичнее платеж привязывать именно к счету, а не к актам или накладным. А вот для актов и накладных предусмотреть возможность привязки к счету. То, что нет привязки платежки к входящему счету - это правда неудобно...