Повторно насчитывается НДФЛ

А как вы объясните странную картинку:
У вас у суммы 305 1494 рубля стоит дата 10.01.2025 при этом месяц принадлежности и начисления 12.2024?
Очевидно что у налога в этом случае месяц принадлежности  и начисления должны быть январь 2025, так как никакого отношения к декабрю 2024 он не имеет.
Как вы вообще добиваетесь такого?
Считаете налог вручную, пишете в 305 вид, а потом создаете ведомость? (потому что сама ведомость так не сделала бы с суммой налога).

По словам клиентов, вручную они ничего не заносили в 305 вид. При этом с января формировали ведомости и брался НДФЛ только с текущих сумм. Никаких изменений по их словам не было. Как уж у них велось на самом деле не можем сказать. Т к сами не можем понять.

Ну сложно поверить что они ничего не делали.
У них сейчас 305 вид настроен как "непересчитываемый" если по нему уже есть данные.
Если я это отключаю, то получаю в декабре вот такую картинку: 

Т.е. программа говорит что излишне удержан НДФЛ как раз тот самый что вылез позже.
Плюс в феврале возникает разница на 1 рубль относительно посчитанного.

Вот так те самые 1495 рублей и получаются которые выползли в апреле.

А что они делали и как они считают - мы тоже не можем сказать. Надо с клиентом разбираться.
У них эта история и дальше продолжается, если смотреть на январь, то там будет сумма 1494 с месяцем принадлежности январь и с датой 10.02 (что компенсировало потерянную в декабре сумму налога) - программа этот НДФЛ отнесет к январю несмотря на дату, т.е. по факту это НДФЛ с декабрьской суммы ГПХ выплаченной 10.01
И в феврале есть 1494 рубля с датой 10.03 - не смотря на дату это сумма НДФЛ с январской суммы ГПХ выплаченной 10.02 (т.к. месяц принадлежности февраль)
И в марте с датой 10.04 - не смотря на дату это сумма НДФЛ с февральской суммы ГПХ выплаченной в марте.
Ну а тот НДФЛ про который вы спрашиваете это НДФЛ с мартовской суммы ГПХ выплаченной в апреле.

Еще раз по месяцам доходы (рассматриваю не аванс по ГПХ, а расчет):
774 вид выплаты были по 11494: 10.01 (с месяцем принадлежности декабрь), 10.02 ( с месяцем принадлежности январь), 10.03 (с месяцем принадлежности февраль) и 10.04 (с месяцем принадлежности март).

А НДФЛ:
305: 1494 с месяцем принадлежности декабрь с датой 10.01 - потерян (для налога важен месяц принадлежности) 
Поэтому остаются: 1494 с месяцем принадлежности январь (дата 10.02), 1494 с месяцем принадлежности февраль (дата 10.03) и 1494 с месяцем принадлежности март (дата 10.04). Итого на 4 договора ГПХ имеется три суммы НДФЛ чего недостаточно поэтому программа в апреле добрала налог.

А еще если по этому человеку сделать 6-НДФЛ (или справку по сотруднику), то получим такую картинку (излишне удержанный налог):

у меня подозрение что пользователь сначала делает ведомость за месяц, а потом у нее меняет дату на будущий месяц, т.к. ситуация что у НДФЛ месяц принадлежности не равен дате ведомости повторяется во всех месяцах с начала 2023 года.

в специальной таблице входимости у вида 305 НДФЛ у вас в столбце 4 указано 1 - не пересчитывать вид если по нему введены данные.  Если поставить там 0 то при пересчете НДФЛ за прошлый год программа возвращает НДФЛ как раз эту сумму -1494.00.   И за 2023 год тоже возвращает!