Добрый день.

Да, были ошибки в учете СКЕ для бюджета, исправляем.
Если возможно, вышлите, пожалуйста, сохранение с примером на паре-тройке ЛС где были бы видны эти проблемы. Это помогло бы разобраться именно с вашей ситуацией.
И еще, если у вас есть два отдельных алгоритма по травматизму для бюджетной и не бюджетной части и работают они корректно, не нужно в настройке указывать учитываемые и н\учитываемые источники для БЧ.
укажите в настройке номер алгоритма для бюджетной части (у этого алгоритма сделать тариф 0.2 и номер у него должен быть не 254 а другой, например, 275).
Алгоритм 254 в вашем случае это алгоритм с тарифом 0.4.

При чем здесь текущий год?

Сформируйте справку с января 2017 по декабрь 2017. Квартальные данные у вас будут как раз за октябрь-декабрь 2017.

В инструкции также говорится что настройки формы находятся в разделе

"Настройка" -> "Настройки таблиц и форм печати" -> "Настройки для формы 3П-соц"

От категории зависит в какую строку попадут данные по конкретному ЛС.

То каким образом учитывается ФОТ задается в настройках формы.