Попробовать в настройке "Разделение выделенного р/к по фондам" (Настройка -> 4. Настройки параметров расчета -> 3. Настройка расчета отпуска) поставить 0.
Если не поможет, то точно поможет очистка настройки "Виды р/к и сев. для выделения в отпуске" (Настройка -> 4. Настройки параметров расчета -> 3. Настройка расчета отпуска)
Но в этом случае все РК будут попадать в среднее "как есть". Т.е. если какой-то доход не попадает в среднее, то РК с него все равно попадет, т.к. будет просто собираться сумма стоящая в виде РК без "пересчета" с учетом включенных основных видов.

А вообще сам запрос исходный странный: РК неотъемлемая часть "базовой" выплаты. К нему не стоит применять иные подходы, отличающиеся от подходов для основной выплаты.

Думаю можно уже смело настраивать "-" в доп.столбце для РК и северных.
Письмо Минфина было: от 29 апреля 2025 года № 03-04-05/43684

В отличие от надуманного ФНС выделение РК из отпускных, здесь "законотворцы" облажались с формулировками (хотя может такой задумка и была?). И при буквальном прочтении НК все таки надо учитывать только основную базу, а РК и северные не надо.
Минфин выпустил свое разъяснение по "буквальному" прочтению НК.
В тех проектах поправок, которые готовят, не видно чтобы они это исправляли.
Так что с высокой долей вероятности это становится нормой пока не поправят НК.

З.Ы. Ну и даже если они передумают и "отмотают" назад, то все таки здесь пересчет будет заметно проще чем "запихнуть РК обратно в отпускные".

как то мы от задачи  расчета среднего "перескочили" к печати квитка.
1) Печать квитка не влияет на расчет сумм. Там любые упрощения без последствий, даже если упрощение отработает некорректно.
2) "лишен всех недостатков" - нет (если не разбиваете квиток отдельно по исп.должностям, то в ситуациях описанных мной вы не получите правильное РВ по виду).

Пути налоговой неисповедимы.
"Возврат" это стандартная практика, прописанная в статье 231.
Возбудится ФНС и попросит что-то от вас для объяснения причин возврата или ничего не спросит - не знаю.
Ну даже если и попросит то просто покажете как возник возврат. "не было вычетов" - "появились вычеты" (это тоже достаточно стандартная ситуация).

сложно спорить, что не пользователь должен считать.
Только мы говорим о ситуации, когда у вас схлопнуты данные (в одно число в РВ вида), и хоть тресни арифметику не провести.

Удвоение возникает из-за того что РВ берется из вида начисления удержания общей суммой за месяц.
По этому РВ из вида, не определить за какой оно период календарных дней. Если взять ФРВ из двух видов из разных исп.должностей, то по этим двум числам невозможно сказать какая часть из них "повторяется", можно либо взять оба, либо игнорировать одно из них полностью. Поэтому если уж у вас настроено "брать из видов", то вариант "взять не все РВ из вида, а только какую-то часть" сложно реализуем (если вообще реализуем).

Если мы делаем настройку "брать из основной" - ок. Вы получите РВ стоящее в виде в исп.должности с "галкой" "основная должность".
Но если эта должность была не весь месяц, то "се ля ви". РВ будет неполным.
Брать ФРВ из видов - это "полумера", когда по каким-то причинам табельный учет не ведут, или ведут как-то "частично".

Если в 6-НДФЛ захотите чтобы возвраты показывались именно как возвраты их надо поставить в отдельный вид(ы). См. описание поставки 632.1 от 02.04)
В противном случае они будут просто уменьшать сумму удержанного НДФЛ. Проблем в этом случае возникать не должно так как скорее всего за счет других людей, у кого будет удержан НДФЛ в ту же самую дату, общего минуса не возникнет. Если бы был только один человек, то точно пришлось бы оформлять в лицевом как возврат, чтобы не возникал минус по удержанному в первом разделе.